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Lab Grimoire
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v0.2.1

Primer、Probe 與 Plasmid 設計

4 項變更
  • 設計速度提升：primer 與 probe 搜尋快約四到五倍，結果完全相同。Tm 落在可接受範圍外的位置會先被排除，再做二級結構篩檢；二聚體與重複序列掃描也不再逐位置配置記憶體
  • 修改 primer 長度、amplicon 範圍或必須涵蓋的區段後，先前的結果會先清除，等你再次執行；與其他輸入欄位的行為一致，長模板不會在每次按鍵時重新設計
  • CSV 匯出檔開頭加上 UTF-8 BOM，試算表軟體可正確顯示中文等非 ASCII 的 feature 名稱
  • plasmid 結果最後的提示區段改用自己的標題，不再重複「本版無法偵測的元件」
v0.2

Primer、Probe 與 Plasmid 設計

6 項變更
  • 設計影響提示：設定 primer 長度、amplicon 範圍、DMSO、primer Tm 或 Gibson 片段時，即時面板會列出超出建議範圍的設定，並說明它可能對實驗造成的影響
  • 每組 primer、每個 probe 候選與 plasmid 結果的頂端都有設計影響摘要；需留意的項目排在前面，卡片標題顯示提示數量
  • 每則提示都改寫自該規則本身的機制說明，附上該規則的證據層級；規則沒有來源時會標示「依據尚未驗證來源」，並可就地展開完整依據
  • 重複的 Golden Gate 黏端改為依 Engler 等人（2008）判定，不再只是列出
  • 版面改版：分頁加上一行說明、適用範圍說明改為分頁上方一條可展開的提示、輸入欄改為卡片樣式、執行按鈕改為整寬
  • 修正：plasmid 圖譜的弧線不再畫成實心扇形；淺色主題下鹼基配對圖可正常閱讀；規則名稱保留原本大小寫（qPCR、Tm）；手機上的寬表格改在卡片內橫向捲動；過長的 plasmid 名稱在圖譜中央會縮短顯示
v0.1

Primer、Probe 與 Plasmid 設計

23 項變更
  • Primer：以 SantaLucia（1998）統一最近鄰參數計算 Tm，含單價鹽校正、von Ahsen（2001）對 Mg2+ 與 dNTP 的單價等效換算，以及同篇論文的 DMSO 項
  • Primer：針對貼入的目標序列列舉候選 primer，並依「落在多少條有依據的範圍內」排序候選組合
  • Primer：髮夾結構、自我二聚體與交叉二聚體篩選，附實際鹼基配對圖；配對延伸到可被延伸的 3' 端時加重計分
  • Primer：逐項判定依據：每個判定都可展開看建議範圍、理由、證據層級與引用（PMID／DOI）；查無來源者標示「尚未驗證來源」，不生成不存在的引用
  • Primer：衝突的建議值並列呈現而非強行合併：qPCR 與終點 PCR 的 amplicon 區間，以及未發表的 3' GC clamp 慣例與已載明的非特異性結合顧慮
  • Primer：提供既有 primer 組合的評估模式，可選擇性定位於目標序列以計算 amplicon
  • Primer：另設「工具無法代為判定」區塊，含全基因體特異性與 exon 接合處位置
  • Probe：三種 probe 化學修飾分開判定，因為其設計限制來自不同機制：hydrolysis（5'-nuclease）、MGB 修飾與 molecular beacon
  • Probe：雙股列舉候選並排除 primer 佔用區間，不會提出會與 primer 競爭的 probe 位置
  • Probe：MGB 長度區間引用 Kutyavin 等人（2000）：該研究實測 12-mer MGB probe 的 Tm 與未修飾 27-mer 相同
  • Probe：僅在提供 primer Tm 時才判定 probe 與 primer 的 Tm 關係，並明確標示該區間尚未驗證來源，不假稱已發表
  • Probe：可分析你提供的 beacon 序列：偵測其折疊出的 stem、分離 loop，並回報兩者的 Tm
  • Probe：明確說明能力邊界：不自動生成 beacon 的 stem 臂，因為找不到可引用的規則來固定臂序列
  • Plasmid：註解依優先順序處理：GenBank FEATURES 區塊一律原樣採用，推論只補記錄未載明的部分
  • Plasmid：每一列 feature 都標示判定方式——GenBank 原始註解、核酸序列比對、轉譯後胜肽比對、ORF 掃描或計算得出——讓推測不會看起來像原始記錄
  • Plasmid：標籤偵測在蛋白質層級進行：轉譯 ORF 後比對標準抗原決定位、親和標籤與蛋白酶切位胜肽，因此不受密碼子選擇影響
  • Plasmid：限制酶切位掃描支援環狀跨原點，附唯一切位彙總、黏端分類與 Type IIS 支援
  • Plasmid：以 inline SVG 繪製環狀與線性圖譜，宣告註解與推論註解的繪製方式不同
  • Plasmid：組裝檢查：Gibson 式接合重疊依 Gibson 等人的研究判定；Golden Gate 的片段內部識別位與重複黏端依 Engler 等人的研究檢查
  • Plasmid：序列驗證檢查表將定序確認保留為人工項目，不自行標記為已通過
  • Plasmid：明確列出本版無法偵測的元件（CMV promoter、抗藥性匣、ColE1 ori、螢光蛋白），而非靜默省略
  • Plasmid：來源面板聲明本次建置未能機器核對限制酶表與 feature 訊號庫，原因是無法連線至 REBASE
  • 三個分頁的運算全部在瀏覽器內完成，序列不會上傳
v1.1.0

蛋白質定量

3 項變更
  • 將孔盤流程改為左右並列工作台，提供試算表式盤面、Excel 貼上與即時曲線結果；方法探索與稀釋規劃移至各自頁籤。
  • 可匯入完整讀盤機 CSV 或 Excel 孔盤複製資料，預覽偵測到的孔位並選取組別欄位填入工作台。
  • 可切換 Bradford（A595）與 BCA（A562）盤面標示，並從工具開啟已發布的 Bradford 與 BCA 實驗步驟。
v1.0.0

蛋白質定量

3 項變更
  • 輸入 Bradford 標準品與未知樣本的三孔 A595 讀值，即可得到扣空白後的曲線、斜率、截距與 R²，並以 0.98 判定是否通過。
  • 未知樣本依稀釋倍數回推原液濃度；落在標準範圍外、或曲線未達 0.98 時，標示為不可回報。
  • R² 不足時，工具會指出最可能的原因：最高點彎曲、單一離群點，或三孔讀值不一致。