蛋白質定量教室可輸入自己的 Bradford 盤面數據
3 項變更
- 輸入標準品與未知樣本的三孔 A595 讀值，即可得到扣空白後的曲線、斜率、截距與 R²，並以 0.98 判定是否通過。
- 未知樣本依稀釋倍數回推原液濃度；落在標準範圍外、或曲線未達 0.98 時，標示為不可回報。
- R² 不足時，頁面會指出最可能的原因：最高點彎曲、單一離群點，或三孔讀值不一致。
濕實驗分析新增首項工具：蛋白質定量
2 項變更
- 新增「濕實驗分析」分類，收納實驗台上常用計算，首項工具為 Bradford 與 BCA 孔盤讀值的蛋白質定量。
- 學生孔盤流程會檢查三孔重複與 R²，再依稀釋倍數回推未知樣本濃度。
Primer、Probe 與 Plasmid 設計
8 項變更
- 按下「開始分析」後，結果區會自動捲到可見範圍；輸入欄位很長時，第一個結果不再落在畫面上方看不到的位置
- 執行後若修改了輸入，結果區會說明先前的結果已隱藏、要如何重新計算，不再顯示「請先貼上序列」
- 手機上的判定表會保留「判定」欄：建議範圍移到每列的依據內容，「查看依據」按鈕只顯示箭頭
- 候選卡片摘要保留大小寫有意義的術語（顯示 Tm，不再變成 TM）
- 數值欄位清空時不再變成 0；超出欄位範圍的值會被拉回上下限，例如 primer 長度誤打 400 不會啟動讓頁面卡住的搜尋
- Molecular beacon 的 stem 分析模式會隱藏用不到的 Assay 脈絡與骨架修飾欄位；probe 的說明文字重新排在它所說明的欄位旁
- Plasmid 組裝規劃可只用片段執行，不必先貼上要註解的構築體
- 「可接受」在判定表與設計影響提示中使用同一個圖示；卡片的展開按鈕會向輔助技術回報開合狀態；反應條件欄位不再在各工作台間重複使用相同 id
Primer、Probe 與 Plasmid 設計
6 項變更
- Probe 可以宣告骨架修飾（未修飾 DNA、LNA、PNA、2'-O-methyl）。宣告會改變哪些項目要判定、哪些只顯示，不只是一個標籤
- LNA：填入要做成 LNA 的位置後，會判定最長連續 LNA residue，因為超過四個會降低合成產率與純度（You 等人 2006 的規則 iv）。最多只判「可接受」，因為代價是合成品質而非 assay 失敗
- Probe 新增「已知變異位置」：落在 probe 下方且距任一端 1–2 個鹼基的變異判為需留意，因為該位置鑑別力明顯下降，靠近中央較佳（You 等人 2006 的規則 v）
- LNA 的建議規則可就地展開：以三連體對準錯配、G·T 錯配的例外、錯配未知時改修飾所有 adenine，以及 LNA–LNA 鹼基對會讓二級結構問題比本工具以未修飾 DNA 篩檢的結果更嚴重
- PNA 明示能力邊界：它無法作為 PCR primer，這正是 PNA clamping 的原理（Ørum 等人 1993）；本工具未實作 PNA 專用 Tm 公式，因此不提供 PNA 的 Tm
- Probe 與 primer 的 Tm 差規則，改為把已發表的 7–10 °C 建議與本身未驗證的 5–10 °C 區間並列呈現，不互相覆蓋（You 等人 2006）
Primer、Probe 與 Plasmid 設計
4 項變更
- MGB 與 molecular beacon probe 不再套用 hydrolysis probe 的區間判定。兩者仍顯示「Tm 高於 primer 的幅度」與 GC 含量，但標為未判定並說明原因：計算的 Tm 不含 MGB 的穩定化（Kutyavin 等人 2000），而 beacon 會不會打開取決於目標結合與 stem 的競爭（Bonnet 等人 1999；Tsourkas 等人 2003）
- Primer 新增「已知變異位置」：填入目標上的 SNP 位置後，每條 primer 都會檢查結合位下方的變異；距 3' 端 5 nt 內的變異判需留意，其他位置的單一變異判可接受，兩個以上判需留意（Lefever 等人 2013；Stadhouders 等人 2010）。設計與評估模式都適用
- Hydrolysis 與 MGB probe 新增兩項供應商慣例：避免連續四個以上的 G、優先選 C 多於 G 的那一股。兩項都標示「尚未驗證來源」，最多只會讓候選降為「可接受」，不會判為「需留意」
- 更正：hydrolysis probe 的 GC 區間不再引用 Kutyavin 等人（2000），該文並未提出此區間；現改標「尚未驗證來源」